ここではImageJインストールの項で説明したPluginのT1T2calculatorを利用してT2*(T2 star)の計算画像の処理について説明します。Pluginの導入まではImageJのインストールを参考にしてください。
ImageJを起動してpluginにMRI Analysis Calculatorがあることを確認します。
データをダウンロードします(19Mあります)。
MRIデータのインポート
MRIファイルをFIle→Import→Image Sequenceで開きます。
sequence optionウインドで、starting image(開始画像ファイル番号)、increment(何枚ごとに開くか)を入力します。この例ではstartもincrementも1で結構です。その後Okをクリックして画像を開きます。
このデータはecho timeを変えて計測した下腿のT2強調画像です。一連のデータからT2協調画像をつくることができます。
[new!] MRIデータのdownloadリンク(new:zipデータです。download後解凍が必要です)
downloadしたら解凍したファイルを確認します。
sokuhoT2star_anonのフォルダの下に、sokuho13からsokuho26までのデータがあります。
各データには２つのフォルダが入っています。例えばsokuho13では以下のフォルダが含まれます。
「sokuho13_pre」(運動前)
「sokuho13_post」(運動後)
実はこのデータは20分間の速歩運動前と後のデータです。
各データセットには以下のようなファイルがあります。IM-0001-0001-0001.dcmからIM-0001-0005-0001.dcmまでです。
これらはエコータイム(echo time;TE)を次の５つに変えて計測したデータです。このデータからT2値画像を計算します。
3ms, 10ms, 17ms, 24ms, 30ms 31ms (訂正2024.10.31)
T2計算画像の作成
T2の計算にPlugins→Analyze→MRI Analysis Calculatorを利用します。(MRI Analysis Calculatorのpluginはplugins/Analyzeの下に入れてあります。)
①TEを秒単位で入力し、②計算対象のデータセットを選択します。この計測ではTEは3ms, 10ms, 17ms, 24ms, 31msです。TEの枠には秒単位で入力するため、ここでは「0.003 0.01 0.017 0.024 0.031」と入力します。
③右下のOKをクリックすると、このデータでは32bitではないとの警告が出ますが、④OKをクリックします。
右上に計算進度を表すインジケータが表示され、T2計算画像が表示されます。
