ImageJのインストール

1. ImageJのdownloadとインストール

ImageJはNIHで作成され無料で公開されている医療用画像処理ソフトウエアです。様々なプラグインがでています。DIOCM形式で書き出されたファイルを開くことができます。ここでは次のプラグインを利用してT2mapを計算する方法を紹介します。ImageJのトップページは以下の通りです。
ImageJ: https://imagej.nih.gov/ij/

ここではT2*画像を計算するプラグインを入れて、例題のデータを用いて計算し、下腿の筋のT2*値を求めることを目標にします。

1a. Macへのインストール


※M1プロセッサーのMacで次のサイト(imageJ配布)のファイル「ij153-osx-java8.zip(Bigsur用)」を利用することを勧めます。
※最近のMacではdownloadしたファイルを開く時にはcntlキーを押してクリックすることで開くメニューウインドで「開く」をクリックすることで開くことができます。この警告は悪意のあるファイルでないと確証が持てるものを開くときの方法です。他のフィアルを開くときには注意してください。

MacOS11からは上記のようなエラーが表示されます。

さらに、Intel CPUのmac(-10.15まで)のImageJはpluginフォルダを認識しないため、Application/ImageJ/ImageJのアプリ(下図の右端の顕微鏡アイコン)を一度別のフォルダ(downloadなど)に移動し、再度Application/ImageJ/の下に戻して、ImageJを起動するとpluginフォルダを認識します。(apple製シリコン:M1のMacでは不要でした。)

MRI Analysis Calculator pulginを以下のサイトからdownloadし、解凍して、ImageJのplugin/Analysisフォルダに以下の2つのファイルをコピーします。
https://imagej.nih.gov/ij/plugins/mri-analysis.html
※Macの場合はアプリケーションのImageJをcont+右クリックで「パッケージを開く」を選択してフォルダを開いてください。

MRI_Analysis_Calculator.class
MRI_t2_Calculator.class

1b. Windowsへのインストール

Windows10へImageJをインストールする要領を説明します。Macと異なるのはpluginの表示です。
①Windowsに対応したファイルをdownloadする
ImageJのdownloadリンクを開き、「WindowsDownload ImageJ bundled with 64-bit Java 8. Instructions.」というリンクをクリックしてImageJをdownloadします。（このファイルはJavaを別途インストールしなくてもJavaベースのImageJが起動します。
②ij153-win-java8の下にImageJというフォルダがあります。そのフォルダを開いてImageJをクリックします。

③圧縮フォルダを展開しようとするので「すべて展開」を選択します。次に展開する場所を聞かれるので都合のよいところに展開してください。私はdownloadフォルダにそのまま展開しました。

④展開されてるとImageJというフォルダの中に、右図のアプリケーションが表示されます。

⑤ImageJをクリックしてアプリケーションを起動すると以下のようにセキュリティのアラートが出ますが、「アクセスを許可する」をクリックしてください。

⑥FileからOpen Smaplesで一番上のファイルを開きます。

⑦MRI Analysis Calculator pulginを以下のサイトからdownloadし、解凍して、ImageJのpluginフォルダに以下の2つのファイルをコピーします。
https://imagej.net/ij/plugins/mri-analysis.html
exporolerでダウンロードしたプラグインファイルを確認して、展開し、下図の2つのファイル(MRI_Analysis_Calculator.classとT1T2CurveFileter.classを確認します(左図)。別のexpolerウインドを開き、アプリケーションのImageJのpluginフォルダに指定のファイルをコピーします。右図は展開したプラグインファイルと、ImageJのpluginsフォルダです。downloadして展開でできた２つのファイルをImageJ/pluginsファイルの中にコピーします。この時にAnalyze(解析)にコピーするとわかりやすいかもしれません。

⑧MRIデータをdownloadして展開します。あとはMacと同じ要領でimportしてpluginからT2*画像を計算します。

2. ImageJの起動

MacもWindowsでも顕微鏡アイコンをクリック（もしくはダブルクリック)してアプリケーションを起動します。
MacではLaunchPadもしくはアプリケーションフォルダにあり、Windowsではアプリケーションフォルダにアイコンがあります。起動すると以下のようなメニューが表示されます。
Macの場合はGUIコマンドとトップメニューも表示されます。

動画解説

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